Northern og Southern Blotting

Southern Blotting bruges i fylogeni. Det bruges til at analysere hvor tæt beslægtede arter er. Det kan bruges til identificere om et specifikt gen går igen hos andre organismer, derfor kan med en stor analyse af flere forskellige gener sammenligne forskelle og ligheder mellem arter. F.eks. hvis der er mange gener som er ens er de tæt beslægtede eller hvis der er få så er de fjernt beslægtede.
Metoden til southern blotting er således:
1. Man oprenser DNA fra forskellige arter.
2. De oprensede DNA-stykker klippes i stykker af restriktionsenzymer
3. Ved gelelektroforese adskilles DNA-stykkerne fra de valgte arter i hver sin brønd. I gelen ligger der et stof som får DNA-stykkerne til at denaturere, og strukturen går fra dobbelt- til enkeltstrenget. Et eksempel på dette stof kan være formaldehyd.
4. En membran ligges ovenpå gelen med transferbuffer tilsat. Det starter en overførsel af DNA-stykkerne fra gelen og til membranen. I membranen bibeholdes adskillelsen som blev lavet i gelelektroforesen og de er stadigt enkeltstrengede.
5. Det oprindelige DNA-stykke man ville identificere denatureres så det bliver enkeltstrenget og samtidigt mærkes det radioaktivt, dette kaldes nu prober. 
6. Proberne og membranen anbringes i en væske sammen så hybridisering, altså de enkeltstrengede DNA-stykker finder deres komplementære streng og danner dobbeltstruktur.
7. Vha. af røntgenfilm som ligges over membranen kan der nu aflæses på røntgenfilmen hvor de proberne er og dermed hvor det DNA-stykke man vil undersøge er. Nu kan der aflæses om genet er i andre arter.

I northern blotting er det samme princip. Dog her er det med RNA-stykker og man undersøger ikke forskelle mellem arter men mellem vævstyper (f.eks. hjerte, lever, lunger etc.). Man kan undersøge hvor stor tilstedeværelsen er af genet i forskellige vævstyper.
Metoden er næsten helt ens:

1. Man oprenser RNA fra forskellige vævstyper.
2. De oprensede RNA-stykker klippes i stykker af restriktionsenzymer
3. Ved gelelektroforese adskilles DNA-stykkerne fra de valgte vævstyper i hver sin brønd. I gelen ligger der et stof som får RNA-stykkerne til at denaturere, normalt er RNA enkeltstrenget men der kan opstå hairpin loops. Derfor er det vigtigt at få dem til at denaturere.
4. En membran ligges ovenpå gelen med transferbuffer tilsat. Det starter en overførsel af RNA-stykkerne fra gelen og til membranen. I membranen bibeholdes adskillelsen som blev lavet i gelelektroforesen og de er stadigt enkeltstrengede.
5. Det oprindelige gen man ville identificere denatureres så de to DNA-stykker bliver enkeltstrengede og samtidigt mærkes de radioaktivt, dette kaldes nu prober.
6. Proberne og membranen anbringes i en væske sammen så hybridisering, altså de enkeltstrengede DNA-stykker finder deres komplementære RNA-streng og danner dobbeltstruktur.
7. Vha. af røntgenfilm som ligges over membranen kan der nu aflæses på røntgenfilmen hvor de proberne er og hvor stor koncentrationen af proberne er. Dermed kan man se hvor meget genet udtrykkes i diverse vævstyper.
Så man kan undersøge: hvor genet er udtrykt, hvornår det udtrykkes i udviklingen af en organisme og hvor meget genet udtrykkes.